莱顿大学拥有超过五十个研究机构，其中有些完全隶属于该校的某个学院，其余则是院际或校际机构。大部分荷兰学者都与其中某些机构相关。下设机构有：
ASC
非洲研究中心
CNWS
亚洲、非洲与美洲研究所
CRC
危机研究中心
CTI
语言与认同研究中心
M. Meijers 研究所
法学研究所
Grotius 中心
国际法学研究中心
GSS
莱顿科学研究所
史学研究所
史学研究所
Huizinga 研究所
文化史研究所
IBL
莱顿生物研究所
IIAS
区域研究所
IOPS
心理计量与社会计量学校际研究所
ISED
教育与人力发展研究所
LACDR
莱顿—阿姆斯特丹药物研究中心
LCMBS
莱顿分子生物学中心
LGSAS
莱顿考古学研究所
LIACS
莱顿进阶计算机科学研究所
LIC
莱顿化学研究所
LION
莱顿物理研究所
LISOR
莱顿宗教研究所
LUCL
莱顿大学语言学中心
LUMI
莱顿大学数学研究所
Mediëvistiek
荷兰中世纪研究所
NIG
荷兰管理研究所
NOVA
荷兰天文研究所
W. Posthumus Instituut
荷兰经济暨社会史研究所
OIKOS
国立古典研究所
Onderzoekschool Kunstgeschiedenis
荷兰艺术史研究所
OSL
荷兰文学研究所
PALLAS
西方艺术暨文学史研究所
莱顿天文台
莱顿天文台
欧洲研究所
关于欧洲整合领域的法学研究所
Van Vollenhoven 研究所
法律、管理与发展研究所
